영주동(瀛州洞)의 옛 이름은 임소(任所)이다. 임소는 개항 후 외교 통상의 업무량이 늘어나면서 1890년(고종 27)에 설치한 감리서[현 봉래초등학교 자리]의 관원이 근무하는 직소(職所)라는 뜻에서 붙여진 이름이다. 이 지역의 공식적인 동명이 영주동이 된 것은 감리서가 있던 영선산(瀛仙山)에서 유래하였다. 감리서 관원들이 영선산을 신선이 사는 삼신산의 하나인 영주산으로 빗대어 부르며 영주동이 되었다고 한다.

영주동은 조선 후기 동래부 사천면 신초량리에 속한 지역으로 청국영사관과 청국 전관 조계가 있었다. 1876년(고종 13) 초량 왜관이 일본인 전관 거류지로 변화되고, 이후 전관 거류지의 확대 과정에서 영선산 착평 공사(營繕山鑿平工事)[영주동과 동광동 경계에 위치한 영선산을 파낸 토석으로 바다를 매축하는 공사로 1909년 5월에 착공하여 1913년 3월에 준공하였다]가 이루어지며 일본인 전관 거류지와 연결되었다. 1913년 청국 조계가 폐지된 후에도 청국인이 밀집하여 중국인 거리로 불렀다.

본래 이 지역은 조선인 거주자가 없던 지역이었으나 개항과 더불어 전국 각처에서 상인 및 부두 노동자들이 모여들며 영주동 터널 위에 정착하여 마을이 형성되기 시작하였다. 1914년 부산부에 속하였다. 1949년 부산부가 부산시로 승격하였고, 1951년 중부출장소가 설치되며 6·25 전쟁으로 전국 각지에서 모여든 피난민들이 정착하며 인구가 증가하여 영주동이 설치되었다.

1957년 구제 실시로 중구 영주동이 되었으며, 1959년 행정동으로 영주 1동과 영주 2동이 분동되었다. 행정동인 영주 1동은 법정동인 영주동 일부와 대창동(大昌洞) 2가로 이루어져 있고, 영주 2동은 나머지 영주동 일부로 이루어져 있다. 1995년 부산직할시가 부산광역시로 승격하면서 부산광역시 중구 영주동이 되어 현재에 이른다.