Nama kawasan ini diambil dari kata majemuk pondok dan labu. Pondok berarti gubuk, atau dangau–tempat pemondokan atau tempat penginapan sementara. Labu adalah nama beberapa macam tanaman merambat, antara lain labu yang bahasa ilmiahnya Lagenaria hispida Ser. Famili Cucurbitaceae, yaitu labu besar yang biasa dimakan (Fillet 1888: 193). "Pondok Labu" dapat berarti 'pondok atau gubuk yang dirambati (tanaman) labu'.

Kawasan Pondok Labu baru disebut-sebut pada tahun 1803 sebagai milik Pieter Walbeck, di samping Cinere dan Lebak Bulus yang dulu oleh orang-orang Belanda biasa disebut Simplicitas. Di kawasan Pondok Labu, tuan tanah tersebut mempunyai penggilingan padi dan sebuah rumah peristirahatan yang diberi nama Simplicitas (De Haan 1910, (I):103). Pada peta yang dibuat oleh Topographisch Bureau, Batavia 1900, penggilingan padi dan rumah peristirahatan itu terletak tidak begitu jauh dari Kali Pesanggrahan sebelah utara Rempoa.