Hubungan Indonesia–Madagaskar terbentang selama lebih dari satu milenium, sejak para leluhur bangsa Madagaskar berlayar mengarungi Samudra Hindia dari Kepulauan Melayu pada abad ke-8 atau ke-9 M.[1] Indonesia memiliki kedubes di Antananarivo, sementara Madagascar tak memiliki akreditasi untuk Indonesia. Namun, Madagaskar mengumumkan akan membuka sebuah kedubes di Jakarta pada 2018.[2]

Kedua negara memiliki hubungan etnolinguistik yang sama, di mana bahasa nasional dan kelompok etnis masing-masing merupakan bagian dari rumpun bahasa Austronesia dan masyarakat Austronesia