Francisco fue prácticamente obligado a gobernar en Nápoles y en Sicilia por decisión de sus progenitores, quedando como regente cuando su padre prefería ausentarse de la gobernación. Él sería un hombre que no quería sentarse en el trono y lo único que deseaba en la vida era vivir tranquilo junto a su familia y dedicándose a la botánica, que era la mayor de sus pasiones.