本作的前半段發生於《惡靈古堡2》的前一天，1998年9月28日，吉兒於洋館事件生還後一直調查有關保護傘公司的地下業務，但在此期間卻遭到保護傘公司派來拉昆市的生物武器追跡者的追殺。吉兒在逃亡期間遇上了隸屬於保護傘生物災害對策部隊（Umbrella Biohazard Countermeasure Service，簡稱UBCS）的卡洛斯·奧利維拉（Carlos Oliveira）及其他成員彌漢爾·維克多（Mikhail Victor）、尼古拉·吉諾維亞（Nicholai Ginovaef）及泰雷爾·派翠克（Tyrell Patrick）。在遊戲的後半段（此時間點發生於1998年10月1日），一行人得知美國聯邦政府決定以核彈徹底毀滅拉昆市，於是吉兒開始協助U.B.C.S.的成員拯救其他受困的市民及尋找逃離拉昆市的方法，同時還要設法消滅難纏的追跡者。

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