PC-9801のSCSI接続HDD、内蔵HDD、SCSI接続MO等にMS-DOS5.0Aをインストールするやり方です。実機ではなくエミュレータ使用しているため、FDDのアクセススピードは早いですが、実機でも同じやり方で出来るはずです。
MS-DOS6.2の場合はインストールコマンドがあるため、インストールで出来ますが、5.0の場合はコマンドが無い（と思う）ので、直でコピーしてやる方法で当時使っていました。

・最初はFDDから起動してHDDをフォーマット＆領域確保。
・次にHDDにDOSディレクトリを作成し、FDDのデータをすべてDOSディレクトリにコピーします。MS-DOS5.0Aは三枚組なので全部コピーしてください。
・最後にFDDを抜いて起動すればHDDがAドライブとして起動するのでcustomコマンドから調整をします。
（字幕をオンにすれば簡単に説明がでます）

※MOはMS-DOSのフォーマットコマンドを使うとうまくフォーマットが出来ないので、98上でフォーマットをする場合はまた別動画で作成いたします。