Politeknik Unhan RI mengelola tujuh program studi, meliputi Budi Daya Lahan Kering, Budi Daya Tanaman Perkebunan, Budi Daya Ternak, Perikanan Tangkap, Pengolahan Hasil laut/Perikanan, Permesinan Kapal, dan Budi Daya Ikan. Pemilihan program studi didasarkan pada kondisi maupun permasalahan sumber daya alam serta lingkungan di Belu pada khususnya dan NTT pada umumnya. Sesuai jenis pendidikan politeknik atau dikenal juga dengan sebutan vokasi, sasaran pembelajaran lebih diarahkan pada capaian keterampilan.

Politeknik Unhan RI mengkhususkan diri pada aspek logistik dengan target ketahanan pangan daerah dalam mendukung ketahanan nasional. Lembaga pendidikan ditugasi berperan strategis melalui penerapan Tridharma Perguruan Tinggi. Pendidikan diharapkan dapat mengenali permasalahan pengelolaan bidang pertanian, perkebunan, peternakan, dan perikanan yang dilakukan masyarakat. Penelitian yang diintegrasikan dengan kegiatan pengabdian kepada masyarakat serta pembelajaran, harusnya dapat menguraikan dan mengidentifikasi permasalahan serta diikuti rekomendasi akademik dalam upaya mendapatkan solusi atas permasalahan yang dihadapi