원종은 개경환도와 무신의 마지막 잔재였던 삼별초의 해산을 명하였다.

[이번에 육지로 나오는 일은 예전처럼 해서는 안 된다. 문무양반으로부터 마을의 백성에 이르기까지 모두 부인과 아이들을 데리고 나와야 한다. 또 신흥창(新興倉)의 미곡 1만 석을 운반하여 군량과 육지로 나오는 비용에 충당할 것이며, 우매한 백성들이 대군(大軍)이 우리 땅으로 들어오는 것을 보면 반드시 놀라서 동요할 것이니 속히 나의 말을 전달해서 각 지방의 백성들이 안심하고 생업에 종사하도록 하고 몽고군을 잘 대접하라.”

또 유시(諭示)하여 이르기를,

“사직의 안위가 이번 일 하나에 달려있으니 각자 성심성의를 다하라.”라고 하였다.(고려사)]

그리고 장군 김지저를 강화도로 보내 삼별초의 명부를 압수하게 하였다. 그 명부는 몽골로 보내질 것이었다. 이는 곧 무신들의 살생부를 몽골에 전달하는 것과 같았다.

삼별초를 궁지에 몬 것이다.

삼별초를 이끌던 배중손은 원종의 명을 거부하고 반란을 일으켰다.

"우리는 강화도를 폐쇄하고 성을 지키며 끝까지 항전할 것이다!"

대장의 명이라 따르긴 하지만 군졸들의 마음은 불안하였다. 이대로 있다가는 꼼짝없이 반란군으로 찍혀 강화도에 고립될 것 같다는 생각을 하는 것은 당연한 일이다.

탈영하는 군졸들이 늘어나고, 백성들도 하루빨리 강화도를 떠나려 하였다.