Bajawa dirintis oleh penjajah Belanda, pada tahun 1907 di bawah pimpinan Kapiten Christoffel, setelah menguasai Larantuka dan Sikka, Belanda mengadakan aksi militer untuk menguasai wilayah Ende, Ngada dan Manggarai. Pada 10 Agustus 1907, pasukan Christoffel tiba di Ende dan hanya dalam waktu sekitar 2 minggu berhasil mengalahkan Rapo Oja dari Woloare dan Marilonga dari Watunggere serta menguasai wilayah Ende. Pada 27 Agustus 1907, pasukan Christoffel mulai melakukan agresi militer ke wilayah Ngada. Sesudah pertempuran di Rowa, Sara, Mangulewa dan Rakalaba, pada 12 September 1907 Bajawa menyerah. Di Bajawa pasukan Belanda menempati lokasi di pinggir kali Waewoki (sekitar rumah potong hewan sekarang) karena dekat mata air Waemude sebagai sumber air minum. Dalam waktu 3 bulan pasukan Christoffel berhasil menguasai seluruh wilayah Ngada dan selanjutnya pada 10 Desember 1907 seluruh wilayah Manggarai dikuasainya. Setelah pemberontakan Marilonga dapat dipadamkan pada tahun 1909 maka pada tahun 1910 seluruh wilayah Flores takluk kepada pemerintah Kolonial Belanda.

Belanda mulai mengatur pemerintahan yang pada mulanya bersifat militer di bawah pejabat militer yang disebut “ Gezaghebber ”, kemudian bersifat sipil di bawah pejabat sipil yang disebut “ Controleur ”. Kapiten Spruijt yang menggantikan Christoffel diangkat sebagai Gezaghebber Ende, van Suchtelen menjadi Gezaghebber Lio, dan Couvreur menjadi Gezaghebber mulai dari wilayah Nangapanda, Ngada, sampai Manggarai.

Agar kegiatan pemerintahan penjajah lebih tertib, keamanan lebih terkontrol dan pemungutan pajak serta kerja rodi yang sebelumnya tidak dikenal oleh masyarakat Ngada, dapat terlaksana dengan baik, Belanda membentuk suatu sistem pemerintahan baru yang sangat berbeda dengan sistem tradisional. Sebelumnya, masyarakat Ngada hidup berkelompok dalam “ ulu eko ”, “ nua ” dan “ woe ” yang bersifat otonom dan tidak ada struktur yang lebih tinggi di atasnya. Demi efektivitas penjajahan, dibentuklah struktur baru di atasnya yaitu “ Zelfbesturende Landschap ” atau “Landschap Bestuur” yang dipimpin oleh seorang “ Zelfbestuurder ” atau raja yang diangkat oleh Belanda dari antara pemuka masyarakat setempat yang paling berpengaruh.
Pada tahun 1912, di seluruh Flores terdapat 27 Landschap Bestuur dan di wilayah Ngada terdapat 6 Landschap Bestuur yaitu Landschap Bestuur Ngada di bawah Djawatay, Nage di bawah Roga Ngole, Keo di bawah Moewa Tunga, Riung di bawah Petor Sila alias Poewa Mimak, Tadho di bawah Nagoti, dan Toring di bawah Djogo. Kemudian, pada 1 April 1915, menurut Indisch Staatsblad Nomor 743, Afdeling Flores dibentuk dipimpin seorang Asistant Residen berkedudukan di Ende, membawahi 7 Onder Afdeling, termasuk Onder Afdeling Ngada. Onder Afdeling Ngada dengan ibu kotanya Bajawa terdiri dari 4 Landschap Bestuur yaitu Ngada dipimpin Djawatay, Nage dipimpin Roga Ngole, Keo dipimpin Moewa Tunga dan Riung dipimpin Petor Sila. Sedangkan Tadho dan Toring yang sebelumnya berdiri sendiri, bergabung dengan Riung. Karena pada tahun 1916-1917 terjadi perang Watuapi dipimpin Nipado, maka pengangkatan menjadi Bestuurder (raja) melalui penandatanganan Korte Verklaring ( perjanjian pendek ) sebagai pernyataan takluk kepada kerajaan Belanda baru dapat dilakukan pada 28 November 1917. Sebelum penandatanganan Korte Verklaring tersebut, Bestuurder (raja) diangkat dengan Keputusan Pemerintah (Government Besluit).
Pada tahun 1931/1932 struktur pemerintahan penjajahan Belanda di wilayah Ngada adalah Onder Afdeling Ngada berpusat di Bajawa dipimpin oleh Controleur (seorang Belanda), mencakupi 3 Landschap Bestuur yaitu Ngada dengan ibu kota Bajawa, Nagekeo di Boawae dan Riung di Riung. Landschap Bestuur Keo dan sebagian komunitas masyarakat adat Toto bergabung dengan Nage, menjadi Landschap Bestuur Nagekeo berpusat di Boawae.
Pada tahun 1938 struktur pemerintahan penjajahan Belanda di Flores dan di wilayah Ngada mengalami penyempurnaan disesuaikan dengan Inlandsche Gemmente Ordonantie Buitengewesten ( IGOB ) yang dimuat dalam Ind. Stb. 1938 Nomor 490 jo Ind. Stb. 1938 Nomor 681. Struktur baru tersebut adalah Onder Afdeling Ngada dipimpin oleh Controleur ( orang Belanda ) mencakup 3 Landschap Bestuur yaitu Ngada, Nagekeo dan Riung masing-masing dipimpin raja. Di bawah Landschap Bestuur adalah Gemmente / Haminte dipimpin oleh Kepala Haminte / Kepala Mere atau Gemmente Hoofd yang membawahi kampung-kampung yang dipimpin oleh kepala kampung.
Sebenarnya pada mulanya Belanda memilih Aimere sebagai ibu kota Onder Afdelling Ngada karena mudah dijangkau melalui laut, sedangkan Bajawa dengan udaranya yang sejuk dan ketinggian 1.100 meter dari permukaan laut disiapkan dan memang sangat cocok untuk tempat peristirahatan. Di Bajawa dibangun 3 buah pesanggrahan ( penginapan ) yaitu pada bekas Kantor Kecamatan Ngadabawa, Mapolres Ngada dan Kantor Banwas Ngada sekarang.