El nombre completo es el de Fuerte San Felipe del Morro, San Juan (Puerto Rico).
La situación de Puerto Rico la hizo desde el principio muy vulnerable al ataque de piratas y corsarios, franceses primero y británicos y holandeses después, a lo cual se añadían los ataques de indios procedentes de otras islas. La Corona española comenzó a edificar las defensas que hicieron de San Juan de Puerto Rico una de las plazas fuertes más importantes del imperio español. Con la construcción de la fortaleza de El Morro y de nuevas defensas en la parte oriental de la ciudad quedó finalizado el cinturón de murallas.
A mediados de 1595 llegaron al Caribe las flotas de los corsarios Francis Drake y John Hawkins, emisarios del gobierno inglés. Su llegada coincidió con un buque español procedente de Sudamérica que transportaba en sus arcas un tesoro de dos millones en oro y plata. La flota corsaria ancló en la isla de Cabras con objeto de tomar la fortaleza de San Juan y los ingleses quemaron algunas naves españolas por la noche, pero el resplandor de las llamas les hizo blanco fácil de la artillería española. Drake fue herido de muerte, y en 1598 el conde de Cumberland logró apoderarse de la ciudad durante algunas semanas, aunque los efectos de una epidemia de disentería que diezmó al ejército inglés obligaron a abandonar la isla, que fue saqueada antes de partir de ella.

Rapidamente Boudewijn Hendrikszoon (Balduino Enrico para los españoles) se adueñó de la parte de la capital. Los atacantes no pudieron vencer a la guarnición española en los combates frente al fuerte ni inducir al gobernador, Juan de Haro, a que se rindiera, a pesar de amenazar con prender fuego a la ciudad. La resistencia de españoles y criollos obligó al eventual retiro del holandés, no sin antes destruir la ciudad de San Juan, que quedó en ruinas.
Consta que el último gran ataque británico contra Puerto Rico se llevó a cabo en 1797: a las órdenes de Ralph Abercromby, 7.000 soldados desembarcaron al este de San Juan y sitiaron la ciudad, aunque el intento acabó siendo infructuoso como todos los demás.