Na década de 1950, a colonização do município de Paragominas foi efetivada por camponeses, que chegaram à região, antes da construção da rodovia Belém-Brasília. Em 1958, precisamente com o desbravador Ariston Alves da Silva, quando atravessou a bacia do Capim e estabeleceu primeira plantação de arroz. Seguidos pelas companhias colonizadoras: Colonizadora Belém Brasília, Colonizadora Marajoara e Cidade Marajoara, que não obtiveram êxito.

Mais tarde, o governo federal divulgou a instalação de uma colônia federal na região, que nunca chegou a se estabelecer, bem como os planos estaduais para a formação de duas colônias naquele território.

Registra-se, também, que antes mesmo da chegada dos camponeses, com autorização do Governo do Estado, empresários de Goiás haviam penetrado na floresta, ao longo do rio capim, com o objetivo de efetuar levantamentos e titular terras para compradores de Uberaba, em Minas Gerais, e Itumbiara, em Goiás.

Posteriormente, a proximidade da estrada Belém-Brasília provocou uma grande procura pela terra entre proprietários de Minas Gerais e Espírito Santo, além de companhias de especulação de terras de São Paulo, ao mesmo tempo em que camponeses penetravam em terras da região, com o objetivo de enfrentar a competição com os “grileiros”, que emitiam títulos falsos e os asseguravam, através do uso da força.

Houve uma rápida concentração de propriedade, nesse clima de violência, e as tentativas de colonização fracassaram.

O município obteve autonomia em 1965, durante o governo de Jarbas Passarinho, com a Lei nº 3.235, de 4 de janeiro, formado com área desmembrada de parte do distrito de São Domingos do Capim e parte do distrito de Camiranga, que pertencia ao Município de Viseu.

Em 10 de maio de 1988, através da Lei nº 5 450, no governo Hélio Gueiros, teve sua área desmembrada para criação do Município de Dom Eliseu, antigo povoado chamado Felinto Muller, que foi elevado à condição de distrito.

O primeiro prefeito de Paragominas foi Amílcar Batista Tocantins, nomeado pelo governo federal. O nome da cidade constitui a abreviação do nome de três Estados: Pará, Goiás e Minas Gerais.

O município também atraiu na década de 1990 e ainda no início do século XXI uma expressiva massa imigratória de sulistas, dos quais alguns eram empresários do setor de agricultura e muitos desempregados que tentavam uma vida melhor com emprego e custo de vida baixo.