Al-Habib Abdullah bin Muhsin Alattas dilahirkan di Desa Haurat salah satu desa di al-Kasar, Kampung Huraidhah, Hadhramaut, pada hari Selasa 20 Jumadil Awal 1275 Hijriah. Sejak kecil beliau mendapatkan pendidikan rohani dan perhatian khusus dari Ayahandanya. Beliau mempelajari al-Quran di masa kecilnya dari Mu’alim Syaikh Umar bin Faraj bin Sabah. Menginjak usia 17 tahun beliau sudah hafal al-Quran. Kemudian beliau oleh ayahnya diserahkan kepada ulama terkemuka di masanya untuk dididik dan diajari berbagai macam cabang ilmu agama.
Pada tahun 1283 Hijriah, al-Habib Abdullah bin Muhsin Alattas melakukan ibadah haji yang kedua kalinya. Sepulangnya dari ibadah haji, beliau berkeliling ke berbagai pelosok dunia untuk mencari karunia Allah Swt. dan sumber penghidupan yang merupakan tugas mulia bagi seorang yang berjiwa mulia. Dengan izin Allah Swt., perjalanan mengantarkan beliau sampai ke Negeri Indonesia. Beliau bertemu dengan sejumlah waliyullah, antara lain al-Habib Ahmad bin Muhammad bin Hamzah Alattas.

Sejak pertemuannya dengan al-Habib Ahmad Alattas tersebut, beliau mendapatkan makrifat. Dan al-Habib Abdullah bin Muhsin Alattas di awal kedatangannya ke Jawa