O Museu está instalado na Praça Mauá em dois prédios de perfis heterogêneos e interligados: o Palacete Dom João VI, tombado e eclético, e o edifício vizinho, de estilo modernista (originalmente um terminal rodoviário). O Palacete abriga as salas de exposição. O prédio vizinho abriga a Escola do Olhar, um ambiente para produção e provocação de experiências coletivas e pessoais, com foco principal na formação de educadores da rede pública de ensino.