Indonesia Raya yang sering kita dengar ternyata adalah tataan ulang dari penata musik asal Belanda Josh Cleber sekitar 1949 (jauh setelah Wage wafat) atas inisiasi dari Jusuf Ronodipuro yang telah disetujui oleh Presiden Sukarno.
Pada awalnya Wage Supratman membuat dalam tangga nada C yang sulit untuk dinyanyikan oleh semua kalangan sehingga Josh Cleber membuat dalam G Mayor. Tempo yg tertulis dalam partitur asli adalah tidak terlalu cepat dalam sukat 6/8 sehingga dinilai kurang menggugah semangat sehingga akhirnya dibuat versi 4/4 dalam tempo marcia.
Beberapa kali perubahan pada aransemen lagu ini dilakukan oleh Josh Cleber setelah mendapat masukan oleh Presiden Sukarno yang mengatakan bahwa Indonesia Raya itu seperti bendera merah putih yang agung dan sudah tidak perlu ditambahkan renda2 dan hiasan lagi (ornamen).

Indonesia Raya yang sedang kita dengar ini direkam di Jogjakarta pada Juni 2017 sesuai partitur dari Wage Supratman (violin solo).