O Musical é um evento coletivo que reúne as turmas do Grupo 2 ao 5º ano, em um espetáculo de teatro e dança. Em 2023 apresenta a saga de Boboto, um boto que nasceu azul numa família de botos cor-de-rosa. Em meio às lendas e tesouros da Amazônia, a história fala sobre positividade e autoaceitação. Este é o maior projeto da Pequenópolis, não apenas porque abarca toda a escola, mas porque, de forma lúdica, proporciona o desenvolvimento da consciência corporal, ritmo, orientação espacial e sensibilidade para produção artística, através a linguagem do teatro e da música.