Die D-AQUI wurde im Junkers-Stammwerk in Dessau mit der Werknummer 5489 gebaut. Der Erstflug fand am 2. April 1936 statt. Die Zulassung als D-AQUI erfolgte am 6. April 1936.

Im Jahr 2016 hatte die D-AQUI 21.000 Flugstunden hinter sich. Sie bietet Platz für sechzehn Passagiere, ihre Höchstgeschwindigkeit beträgt rund 250 km/h.

Auf Grund erneuter Strukturbefunde musste der Flugbetrieb der D-AQUI im August 2018 vorzeitig beendet werden.
Am 17. September 2019 verließ die D-AQUI den Hangar bei Lufthansa Technik in Hamburg wurde nach Bremen transportiert und soll dort fachgerecht eingelagert worden sein.