O topónimo 'Setúbal' deriva do termo romanizado 'Cetóbriga' (Ceto + designação celta briga para povoação).

Segundo alguns autores (como José Hermano Saraiva), a exemplo de outras cidades ibéricas e do sul da Europa, o topónimo 'Setúbal' pode estar relacionado com o hidrónimo do rio (Sado ou Sadão) que banha a povoação, referido pelo geógrafo árabe Dreses como Xetubre. E, neste caso de o topónimo Setúbal estar relacionado com o hidrónimo, a sua origem pode estar na palavra Ketovion, como sugere Montexano.[6] Flávio Josefo, na História dos Hebreus, relaciona-o a um dos povos iberos,[7].

Uma outra tese, fantasiosa, diz que o nome da cidade resultou da cisão de dois nomes bíblicos: Sete (3º filho de Adão) e Tubal (neto de Noé). Esta tese foi assumida por Frei Bernardo de Brito no tomo I da Monarquia Lusitana.[8]; [9]